سیستم عامل FreeBSD دارای یک ساختار سلسه مراتبی و نظام مند دایرکتوری ها می باشد که به صورت یک درخت وارانه می باشد.

مهمترین بخش این ساختار / یا همان دایرکتوری ریشه است که به مانند تنه درخت می باشد که همه شاخ و برگ ها بر روی آن سوار هستند. در هنگام بوت سیستم، اولین دایرکتوری که متصل می شود دایرکتوری ریشه یا / می باشد. این دایرکتوری شامل موارد حیاتی سیستم و همچنین نقاط اتصال سایر فایل سیستم ها می شود.

جدول زیر شامل اطلاعات کامل دایرکتوری های سیستم می باشد.

توضیحات

دایرکتوری

دایرکتوری ریشه که بر روی فایل سیستم قرار می گیرد

/

ابزارهای اساسی سیستمی در حالت های تک کاربره و چند کاربره در این دایرکتوری قرار می گیرد.

/bin/

برنامه ها و تنظیماتی که برای مرحله bootstrap سیستم لازم است

/boot/

تنظیمات پیش فرض بوت سیستم

/boot/defaults/

فایل های سیستمی مربوط به device ها

/dev/

فایل ها و تنظیمات سیستمی

/etc/

شامل تنظیمات پیش فرش سیستم

/etc/defaults/

شامل تنظیمات MTA مانند sendmail

/etc/mail/

شامل تنظیمات DNS

/etc/namedb/

شامل اسکریپت هایی که به صورت روزانه، هفتگی و ماهانه توسط cron اجرا می شود

/etc/periodic/

شامل تنظیمات ppp

/etc/ppp/

یک دایرکتوری خالی که معمولا توسط مدیر سیستم برای اتصال  یک فایل سیستم مورد استفاده قرار می گیرد

/mnt/

فایل سیستم پردازش های درحال اجرای سیستم

/proc/

در واقع ابزارهای لینک شده برای موارد اورژانسی و نجات سیستم

/rescue/

دایرکتوری خانگی کاربر ریشه

/root/

ابزار ها و برنامه های سیستمی که مورد استفاده مدیر سیستم در هر دوحالت تک کاربره و چند کاربره قرار می گیرد.

/sbin/

فایل سیستم و دایرکتوری template سیستم

/tmp/

مسیر اصلی که ابزارها و برنامه های کاربر در آن قرار می گیرد.

/usr/

شامل ابزارها و برنامه های کاربردی که کاربر نصب کرده است.

/usr/bin/

شامل فایل های کتابخانه ای استاندارد C

/usr/include/

آرشیوی از کتابخانه های سیستمی

/usr/lib/

فایل های دیتای متفرقه ابزارها

/usr/libdata/
ابزارها و daemon های سیستمی برای اجرا توسط برنامه ها

/usr/libexec/

شامل مسیر های برنامه های نصب شده توسط کاربر

/usr/local/
شامل کتابخانه ها و درخت های هدف هنگام کامپایل کردن src است

/usr/obj/

ابزارها و daemon های سیستمی که توسط کاربر اجرا می شوند

/usr/sbin/

فایل های مستقل معماری و در واقع فایل هایی که برای گرفتن اطلاعات از سیستم لازم است.

/usr/share/

شامل source کامل سیستم عامل

/usr/src/

شامل لاگ فایل ها temporary و spool فایل ها و بسیاری چیزهای دیگر

/var/
شامل log فایل های سیستم و برنامه ها

/var/log/

مسیر پیش فرض mail کاربران سیستم

/var/mail/

مسیر پیش فرض فایل های spool مربوط به mail و printer و …

/var/spool/

مسیرtemp  مربوط به ریبوت سیستم

/var/tmp/
مسیر مربوط به yellow page

/var/yp/